ക്രിസ്തുശിഷ്യനായ മാർത്തോമാ ശ്ലീഹയാണ് ഇന്ത്യയിൽ സഭ സ്ഥാപിച്ചത്. ഏ.ഡി. 52-ൽ മാർത്തോമാ ശ്ലീഹാ മലങ്കരയിൽ ( മുസിരിസ് – ഇന്നത്തെ കൊടുങ്ങല്ലൂർ) എത്തിയെന്നും ഇന്ത്യയിൽ സുവിശേഷം അറിയിച്ചെന്നും മൈലാപ്പൂരിൽ കുത്തേറ്റു മരിച്ചെന്നുമാണ് പാരമ്പര്യം.

ആദ്യകാല ക്രൈസ്തവരെ കുറിച്ചുള്ള സൂചനകൾ കേരളം സന്ദർശിച്ച സഞ്ചാരികളിൽനിന്നും താമ്ര/ശിലാ ലിഖിതങ്ങളിൽനിന്നും ലഭ്യമാണ്. തദ്ദേശീയരായ സഭാ അധികാരികളുടെയും മെത്രാന്മാരുടെയും നേതൃത്വത്തിൽ ആയിരിക്കണം ആദ്യകാല സഭ. പിന്നീട് തദ്ദേശീയരായ സഭാ അധികാരികളുടെ നിർദ്ദേശവും ആവശ്യവും പ്രകാരം പേർഷ്യയിൽ നിന്നു വന്ന മെത്രാന്മാർ ആത്മീയ ആവശ്യങ്ങൾ നിറവേറ്റി. തദ്ദേശീയരായ സഭാ തലവന്മാർ ഇന്ത്യയുടെ വാതിൽ, ജാതിക്കു കർത്തവ്യൻ, മലങ്കര മൂപ്പൻ, അർക്കദിയാക്കൻ (ആർച്ച് ഡീക്കൻ) എന്നീ സ്ഥാനനാമങ്ങളിലാണ് അറിയപ്പെട്ടിരുന്നത്.

പിന്നീട് പോർട്ടുഗീസ് അധികാരികളുടെ സഹായത്താൽ റോമൻ കത്തോലിക്കാ സഭയുടെ കീഴിൽ മലങ്കര നസ്രാണികൾ വന്നു. തോമസ് അർക്കദിയാക്കോൻറെ (പിന്നീട് അഭിവന്ദ്യ മാർത്തോമ്മാ ഒന്നാമൻ) നേതൃത്വത്തിൽ കൂനൻകുരിശു സത്യത്തിലൂടെ വൈദേശികാധിപത്യത്തിൽ നിന്ന് സഭ സ്വതന്ത്രമാവുകയും ചെയ്തു. മലങ്കര സഭ പിന്നീട് അന്ത്യോക്യയിലെ സുറിയാനി ഓർത്തഡോക്സ് സഭയുമായി ബന്ധപ്പെടുകയും അന്ത്യോക്യൻ സഭയുടെ ആരാധന ക്രമങ്ങളും വിശ്വാസവും സ്വീകരിക്കയും ചെയ്തു.

കൂനൻ കുരിശു സത്യത്തിനു ശേഷം മാർത്തോമാ മെത്രാന്മാരും പിന്നീട് മലങ്കര മെത്രാപ്പോലീത്തമാരും സഭയെ ഭരിച്ചു. 1912 സെപ്റ്റംബർ 15൹ കാതോലിക്കേറ്റ് മലങ്കരയിൽ സ്ഥാപിച്ചതോടെ മലങ്കര സഭ പൂർണമായും സ്വയം ശീർഷകത്വവും സ്വയംഭരണവും ഉള്ള ഒരു സഭയായിത്തീർന്നു.

മലങ്കര മെത്രാപ്പോലീത്തയായിരുന്ന പരിശുദ്ധ വട്ടശ്ശേരിൽ ഗീവറുഗീസ് മാർ ദിവന്നാസിയോസ് കാലം ചെയ്തതിനുശേഷം പരിശുദ്ധ ബസേലിയോസ് ഗീവർഗീസ് ദ്വിതീയൻ കാതോലിക്കാ മലങ്കര മെത്രാപ്പോലിത്താ സ്ഥാനം കൂടി ഏറ്റതോടു കൂടി മലങ്കരയുടെ ആത്മീയാധികാരങ്ങളും ഭൗതികാധികാരങ്ങളും ഒരേ സ്ഥാനിയിലായി.

മാർത്തോമാശ്ലീഹായുടെ സിംഹാസനത്തിൽ ആരൂഢനായിരിക്കുന്ന പൗരസ്ത്യ കാതോലിക്കായും മലങ്കര മെത്രാപ്പോലീത്തയുമായ പരിശുദ്ധ ബസേലിയോസ് മാർത്തോമാ പൗലോസ് ദ്വിതീയൻ കാതോലിക്കാബാവയാണ് മലങ്കര സഭയുടെ ഇപ്പോഴത്തെ പരമാധ്യക്ഷൻ.